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As sessões do ATLAS seguem um modelo híbrido, alternando entre encontros presenciais e online (uma de cada por mês), proporcionando flexibilidade aos participantes. Cada semestre é composto por 9 sessões: cinco presenciais e quatro online. As sessões ímpares, incluindo a primeira e a última, são realizadas presencialmente, enquanto as sessões pares ocorrem online.

As sessões presenciais, que acontecem ao sábado das 10h às 18h, são de um dia inteiro e incluem diversas atividades, com todos os participantes a participar de forma síncrona. As sessões online, por sua vez, são realizadas, em geral, duas semanas após a última sessão presencial. Estas sessões são organizadas por grupos de alunos com o seu orientador de projeto, duram três horas e o horário é definido de acordo com a disponibilidade de cada grupo e orientador naquele mês.

Prevemos três semestres por ano: de setembro a janeiro, fevereiro a junho, e um semestre de verão de junho a setembro (com quatro sessões presenciais). Assim, os meses de setembro e de junho terão duas sessões presenciais: a última de um semestre e a primeira do seguinte.